遗传病诊断的中国经验——解二代测序成本、遗传咨询资源之困

2017-11-23 09:44 来源:丁香园 作者:
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人民健康是民族昌盛和国家富强的重要标志

中国在实现全民健康覆盖方面已经取得令世人瞩目的成绩,中国位列全球医疗事业发展进步最大的 5 个国家。随着突破性的检测技术不断涌现,越来越多的疾病可以被诊断,实现早诊断早治疗。二代测序技术是本世纪最为亮眼的基因检测技术之一,这项技术的临床应用,特别是用于遗传病诊断,在西方发达国家已经相当普及。

然而,从西方取的「经」未必都适合当下中国的国情

发达国家遗传病二代测序检测的临床实践:

  1. 临床表型如提示为某类遗传性疾病,临床医生会要求进行靶向基因测序,比如耳聋基因靶向测序

  2. 临床表型复杂的或无法分类,临床医生会要求全外显子组测序

  3. 除对先证者进行检测外,同时对家系进行检测

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发达国家医学遗传学历史悠久、体系完善 vs 在中国仍是新兴的学科:

  1. 在美国,医学遗传学做为独立的医学学科已经存在了 25 年,而在中国仅不到 2 年

  2. 发达国家有完善的医学遗传学培训体系,而中国仅有极少数的院校开设专门的医学遗传学培训

  3. 发达国家有大批的遗传咨询师,中国仅在一些顶级医院有在发达国家受训过的遗传咨询师,而中国遗传咨询师的水平与西方发达国家相比存在很大差距

中国医疗体系的现状:

  1. 二代测序不在医保范围内,病人需要自掏要包

  2. 大多数家庭难以承受高额的检测费用,难以承受检测整个家系的费用

中国特色的现代化变革同样体现在医疗创新

上海这座融汇东西方文化的城市率先在利用二代测序诊断遗传性疾病上发出了中国特色的声音。上海儿童医学中心沈亦平教授、王剑教授团队建立了基于二代测序亚外显子组测序诊断遗传性疾病的方案(POMES,Porband-onlymedical exome sequencing)。这一方案同时解决了二代测序成本高、以及临床医生分子遗传背景参差两个最棘手的问题。

利用 POMES 方案不依赖于大量的临床评估与诊断,临床医生不需要根据病人的临床表型选择不同的二代测序方案,既降低了对临床医生医学遗传学知识的要求,也避免了因为选择偏差而导致的延长确诊周期和增加病人负担。POMES 方案靶向 2,742 个已知的疾病相关基因,仅就先证者行二代测序,用一代测序的方法验证推定的致病变异,同时对家庭成员用 PCR 和一代测序的方法溯源和确定变异相。相比欧美对家系采用二代测序的做法,POMES 大大降低了病人的经济负担。

在 2015 年 4 月到 2016 年 12 月间,上海儿童医学中心对 1,323 个病人进行了 POMES 分析,总体诊断率达到 28.8%(从新生儿重症监护室病人诊断率为 10% 到儿科重症监护室病人的诊断率为 >35%)。POMES 的检测结果对 45.1% 的有阳性发现患者的治疗产生直接影响。以其中一对病人为例,两姐弟(病人 mes-174 A 和 B)(图 1)由于矮小被转诊到内分泌门诊,姐弟俩的临床表型均为矮小(-3SD)、特殊面容、头颈长、学习困难,计算能力差,同时夏季皮肤异常明显 。最初,由于生长激素(GH)刺激试验显示患者生长激素部分缺乏,因此,根据这一评估对姐弟俩采用生长激素替代治疗。经过 POMES 检测,在患者的 RECQL3(BLM)基因上发现了致病的复合杂合子变异,最终姐弟俩确诊为布卢姆(Bloom)综合征。而这一诊断完全改变了原先的治疗方案。由于生长激素对患有染色体断裂综合征的病人来说是禁忌的,因此根据 POMES 的检测结果终止了生长激素治疗。同时由于此类病人患糖尿病和肿瘤的风险高,POMES 的诊断也影响到对了姐弟两的后续治疗。该案例仅是众多案例中的一个,但却直接体现了 POMES 的临床价值。

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图 1. 病人 mes-174 A 和 B

上海儿童医学中心的中国实践无疑为探索如何让成本高昂但社会价值显著的高新技术能够在中国的土地上最大限度发挥技术优势,如何让最新技术普惠于民提供了很好的借鉴。

沈亦平教授和王剑教授团队的研究成果已发表在近日在医学遗传学权威期刊《Genetics in Medicine》上(影响因子 8.229)。

上海儿童医学中心的中国实践 vs 发达国家的做法:

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儿童医学中心的 POMES 方案采用了安捷伦的 ClearSep 遗传性疾病 Panel,该遗传病 Panel 由安捷伦公司与柏林夏里特医学遗传中心的研究人员共同开发,高度靶向疾病相关基因。在测序量仅为 2-3 Gb 的情况下即可确保对目标区域的深度覆盖,可与台式测序仪兼容。该遗传病 Panel 已在中国获得了普遍的认可。

文章来源:安捷伦视界

编辑: 朱卿

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