2014年美国风湿病学年会上有研究表明，儿童应用抗生素可显著增加幼年特发性关节炎风险，而且呈剂量依赖性，其称人体微生物学的改变与该病的发生密切相关。
幼年特发性关节炎是儿童最常见的持续性关节炎，起始症状并不特异，包括嗜睡、疲倦、胃口差（可能由药物引起），特别在年幼儿童最大的表征可能是拐步跛行，儿童可能有严重流感样表现。主要的临床症状是在受影响的关节出现持续性肿胀后，常发生于膝关节、踝关节、腕关节和手脚的小关节。其成因一如其名“特发性”仍然未明，是目前一个积极研究的项目。
美国宾夕法尼亚大学 Daniel Horton教授称：“随着对微生物学了解的越多，我们发现微生物在一系列疾病中的重要地位，例如自身免疫病-包括炎症性肠病、风湿性关节炎和银屑病关节炎，这些疾病与幼年特发性关节炎存在很多相似之处。”Horton教授称其发现抗生素的使用与幼年特发性关节炎发生风险增高相关，而且随着给药次数增加其发生风险升高，该研究揭示了儿童使用抗生素的其它潜在危害。
该研究采用了英国基于人口医疗记录的数据库，其内包括患者的综合性诊断和门诊患者处方数据，以此来确定年龄<16岁且新近诊断为关节炎的患儿，共筛选出153例符合幼年特发性关节炎的患儿。研究结果发现随着使用抗生素的增加发生关节炎风险也增高。与未使用过抗生素的患儿相比，使用过1-2次抗生素患儿其发生关节炎的比值比（OR）为3.1；使用过3-5次抗生素患儿的比值比为3.8。
但是使用非细菌性抗生素包括抗真菌和抗病毒药物与幼年特发性关节炎的发生无明显相关性，且其发生与感染类型及年龄也无明显相关性。但是Horton教授指出并不能排除感染本身对疾病发生的影响或者早期关节炎患儿发生感染风险增高或更严重。
避免使用抗生素的另一个原因？
Horton教授称虽然能找到一个不给儿童开具不恰当抗生素处方的原因是很好的，但是事实是在某些情况下抗生素是非常有效的药物。而且导致儿童幼年特发性关节炎的明确原因仍不清楚，遗传因素也不能很好解释。“如果抗生素与幼年特发性关节炎的相关性能明确的话，那么在一些特定临床情况下避免抗生素的使用可能是预防该类疾病的方法之一。”Horton教授称。
伯明翰阿拉巴马州大学的Matthew Stoll教授称，抗生素使用导致的肠道菌群改变似乎真的是导致幼年特发性关节炎的原因之一，“如果正常菌群环境改变，其中一些细菌会出现促进炎症反应，而另一些可能出现抗炎症反应。如果我们无意中改变了微生物环境而导致促炎类细菌增多的话，可能潜在性导致关节炎和其它自身免疫性疾病。”
Stoll教授称在该项研究之前其实已有很多理由表明，给予儿童抗生素治疗需慎重，如果患儿并没有细菌感染却给予抗生素的话，那么患儿就使用了不必要的药物，而且这样做也会导致抗生素耐药发生风险增高；当然现在又有了新的理由，而且是很好的理由。
